Poskusili namestiti gromacs 5.1.1 prek homebrew, vseh ukazov ni mogoče najti

1. Kako namestim najnovejšo različico Gromacsa?
2. Kako prenesem in namestim Gromacs?
3. Kako namestim Gromacs v sistem Windows 10?
4. Kako zaženem Gromacs v Linuxu?
5. Katera je najnovejša različica Gromacsa?
6. Kako preverim različico Gromacs?
7. Kako namestim Gromacs?
8. Kako prenesem in namestim Cmake?
9. Kako namestim Gromacs s podporo za GPU?
10. Kako prenesem Gromacs v Linux?
11. Kako uporabljate Gromacs?
12. Kako odstraniti Gromacs Linux?

Kako namestim najnovejšo različico Gromacsa?

Lahko pa prenesete in razpakirate paket za regresijski test GROMACS https: // ftp.gromacs.org / regresijski testi / regresijski testi-2021.2.katran.gz tarball in uporabite napredno možnost cmake REGRESSIONTEST_PATH, da določite pot do nepakirane tarball, ki bo nato uporabljena za testiranje.

Kako prenesem in namestim Gromacs?

Lahko pa prenesete in razpakirate paket za regresijski test GROMACS http: // gerrit.gromacs.org / download / regressiontests-2020.katran.gz tarball in uporabite napredno možnost cmake REGRESSIONTEST_PATH, da določite pot do nepakirane tarball, ki bo nato uporabljena za testiranje.

Kako namestim Gromacs v sistem Windows 10?

Postopek

1. Prenesite izvorno kodo GROMACS in nekje razpakirajte.
2. Zaženite CMake GUI.
3. Nastavite imenik izvorne kode v razdelku »Kje je izvorna koda« ...
4. Nastavite drugo lokacijo, če želite vgrajeni GROMACS umestiti v "Kje zgraditi binarne datoteke" ...
5. Kliknite Konfiguriraj. ...
6. Konfiguracija se bo ustavila, ker ne najde FFTW.

Kako zaženem Gromacs v Linuxu?

Zaženi vhodno datoteko (.

Naslednji korak je združitev molekularne strukture (datoteka gro), topologije (zgornja datoteka) MD-parametri (datoteka mdp) in (neobvezno) indeksna datoteka (ndx) za ustvarjanje vhodne datoteke za zagon (razširitev tpr). Ta datoteka vsebuje vse informacije, potrebne za zagon simulacije z GROMACS.

Katera je najnovejša različica Gromacsa?

GROMACS

Kako preverim različico Gromacs?

Preprosto vtipkajte "pdb2gmx" v terminal in spoznali boste vse zahtevane informacije.

Kako namestim Gromacs?

Lahko pa tudi prenesete in razpakirate paket za regresijski test GROMACS http: // gerrit.gromacs.org / download / regressiontests-5.1.4.katran.gz tarball in uporabite napredno možnost cmake REGRESSIONTEST_PATH, da določite pot do nepakirane tarball, ki bo nato uporabljena za testiranje.

Kako prenesem in namestim Cmake?

II- Namestitev CMake

Prenesite Windows (namestitveni program WIN32). Dobili boste datoteko z imenom cmake-version-win32-x86.exe. Zaženite ga in sledite namestitvenemu postopku. Prepričajte se, da ste izbrali možnost Dodaj CMake v sistemsko možnost PATH.

Kako namestim Gromacs s podporo za GPU?

Prenos nabora orodij CUDA

Zdaj izberite najnovejšo različico kompleta orodij CUDA glede na vaš sistem od tukaj. Prenesite lokalno datoteko za zagon z naslednjim ukazom. Datoteka za zagon vsebuje vse bistvene komponente, ki jih je treba namestiti. Preklopite v imenik, kamor želite prenesti namestitveni program.

Kako prenesem Gromacs v Linux?

1. Kako začeti. Če imate sveže nameščen Ubuntu, ne pozabite posodobiti podatkov o skladišču in programskih paketov v sistemu. ...
2. Namestitev. Prvi korak pri namestitvi Gromacsa je pridobiti cmake, v terminalu vnesite: sudo apt-get install cmake. ...
3. Enostavna metoda. ...
4. Redna namestitev.

Kako uporabljate Gromacs?

Orodje za začetno nastavitev GROMACS uporablja vhod PDB za ustvarjanje treh datotek, ki bodo potrebne za simulacijo MD.
...
Nastaviti

1. ustvari datoteko 'topologija'.
2. pretvori strukturo beljakovin PDB v datoteko GRO s strukturo, centrirano v simulacijskem polju (enotna celica)
3. ustvari datoteko za zadrževanje položaja.

Kako odstraniti Gromacs Linux?

Za odstranitev tega paketa lahko preprosto uporabite ukaz apt in paket odstranite iz operacijskega sistema Linux. S tem boste odstranili gromacs in vse njegove odvisne pakete, ki v sistemu niso več potrebni. Zgornji ukaz bo odstranil vse konfiguracijske datoteke in podatke, povezane s paketom gromacs.